A型禽流感病毒是囊膜病毒，对诸如去污剂等脂溶剂比较敏感，抵抗力不强。常用消毒剂很容易将其杀死，如：福尔马林、氧化剂、含氯消毒剂、碱类制剂、稀酸、去氧胆酸钠、羟胺、十二烷基硫酸钠和铵离子等能将其杀死。该病毒不耐热，60℃加热10分钟、70℃加热数分钟即可丧失活性。但病毒对低温抵抗力较强，在有甘油保护的情况下可保持活力1年以上。直射阳光下40~48小时即可灭活该病毒。紫外线直射可破坏其感染力、血凝素活性和神经氨酸酶活性。
在野外条件下，禽流感病毒常从感染禽的鼻腔分泌物和粪便中排出，病毒受到这些有机物的保护，就极大地增加了抗灭活的抵抗力，要灭活环境中的病毒，首先应扑杀掉全部发病鸡只，然后对整个圈舍喷洒有效的消毒剂，将有机物包括粪便清除，再用洗涤剂清洗表面，之后再用次氯酸钠溶液消毒、福尔马林熏蒸等方法消毒，以杀灭房舍内污染的流感病毒。
控制高致病性禽流感的主要问题是如何控制严重污染的粪便。垫料和粪便可以通过掩埋、用塑料盖住堆肥发酵等方法进行处理。
