艾滋病的致病源HIV是一种逆转录病毒，这种逆转录病毒的靶部位，特别是连结在人体细胞基因上的病毒DNA非常隐蔽，它们与宿主细胞的DNA整合，长期潜伏而不被察觉。由于HIV能够感染多种组织和细胞，从而使治疗更加困难。尤其是HIV可潜伏于中枢神经系统的细胞中，由于血脑屏障的保护作用，多种药物都不能通过。即使某些药物可通过血脑屏障，但受HIV损伤的脑细胞已不能恢复，而且继发于艾滋病的疾病如卡波济氏肉瘤、侵袭性淋巴瘤和某些条件性感染，它们引起的并发症本身就很难根治。HIV的复杂性加上艾滋病本身的破坏性，使不少学者认为此病威胁性之大，几乎是不可能治愈的。
治疗艾滋病较为理想的抗病毒药物，从理论上讲应满足以下要求：应当是特异的，对HIV本身有作用，对宿主细胞无毒性，必须毒性低且能保护非感染细胞；能口服吸收且能通过血脑屏障，既能抑制病毒复制，又无严重副作用。但是这种药是极难研制成功的。对于艾滋病患者来说，在当前的条件下，治疗是非常棘手的。感染HIV后，前病毒脱氧核糖核酸永远与宿主细胞结合在一起，致使爱艾滋病病毒感染后的人体免疫细胞几乎没有可能只袭击病毒而不伤害自身细胞，况且艾滋病病毒侵袭的主要是T4淋巴细胞，致使感染永不消失，机体也无法清除病毒，目前使用的西药AZT、ddC、ddI、D4T、3TC等都不可能治愈艾滋病。
