一、肝细胞内出现乙肝病毒，并且病毒长期存在和复制，病毒DNA进入肝细胞核内与肝细胞核内染色体发生聚合，形成病毒复制的模板，称为CCCDNA，这种DNA成了复制新病毒的源头。
二、免疫系统中有好多种有杀病毒作用的特异性淋巴细胞发生凋亡或变成失去抗病毒功能的细胞，这样病人就丧失了抗乙肝病毒能力或抗乙肝病毒免疫应答很差，称为免疫耐受。
以上原因决定了对慢性乙肝及慢性乙肝病毒携带者的治疗需要抓住两个关键环节：
一、有效抑制病毒以至于最终清除病毒。
二、打破免疫耐受，修复与重建病人自身的抗乙肝病毒特异性免疫应答。
两者是相互协同的。在前者抑制病毒复制，使病毒量下降时，抗乙肝病毒的特异性免疫能力会改善，有利于进一步重建抗病毒特异性免疫反应；而在打破了免疫耐受，重建正常抗病毒特异性免疫之后，一方面使抗病毒治疗措施（如用抗病毒药）效果提高；另一方面，正常抗病毒特异性免疫建立之后，通过病人自身的抗病毒特异性免疫应答，可以在相当长时间内抑制病毒，甚至于清除肝内的病毒DNA。
因此，两种疗法联合使用治疗e抗原及乙肝病毒DNA都阳性的慢性乙肝及慢性乙肝病毒携带者，常常在一年疗程期满时，看到相当多病人DNA与e抗原阴转，同时免疫耐受被打破，自身特异性病毒免疫得到重建和修复。取得了这种疗效的病人，若疗程再延长一些，有不少人会达到停止治疗指标。这种指标包括乙肝病毒DNA和e抗原阴转，e抗体由阴性变成阳性，特异性免疫学检查提示免疫耐受已被打破，出现了正常特异性抗病毒免疫应答，如果是慢性乙肝，治疗前血清转氨酶升高，则转氨酶恢复正常。达到这些指标后停止治疗，一般来说病情会稳定，复发率低。
