既往认为，乙肝病毒（HBV）具有"嗜肝特性"，只能在人体的肝脏细胞中繁殖复制。近年来，随着检测手段的进步，发现HBV还可以侵犯人体肝脏以外的其他组织和器官，并在相应的组织细胞中复制，病毒的去氧核糖核酸基因还能整合到肝外组织细胞中去，引起一系列的病理变化而发生多系统、多器官的病变。
常见的有：
1、关节炎：受累关节常为单个，也可为多个，早呈对称性，以肘、腕、膝关节为多见，疼痛并不剧烈，颇类似游走性风湿性关节炎。
2、皮肤病变：以荨麻疹最多见，其次是红旗、斑丘疹、血管神经性水肿，偶见红斑性结节及猩红热样疹。
以上病变多在急性肝炎症状出现前数日至数周开始，亦即急性病毒性肝炎的潜伏期或病程早期，多见于年轻人。
3、心血管病变：如心肌炎、心包炎、结节性动脉周围炎等。前二者可能为乙肝病毒直接侵犯心血管而引起，后者则系免疫复合物沉积于小血管壁引起。
4、肾脏病变：比较多见。早期出现无症状蛋白尿、血尿、甚至颗粒管型，病情多变且迁延难愈，逐渐发展为肾功能不全，也有自愈病例。
5、血液系统病变：主要是再生障碍性贫血与溶血性贫血。多见于儿童及及青年。
6、消化系统病变：早期胃肠粘膜出现炎性改变，故有上腹不适、恶心、呕吐等症状。急性病毒性肝炎病人由于空肠内双糖酶和碱性磷酸酶（ALP）活性减少，不能耐受双糖的摄入而常有腹泻。部分病人因肝功严重损害或胆道淤阻不能充分排泌胆酸盐而出现脂肪痢。
7、、急性胰腺炎：多见急性水肿性胰腺炎，主要发生于重型肝炎病人，原因不明。非重型急性肝炎胰腺受累不明显，仅出现短暂而轻度的糖尿病。
8、精神神经系统病变：神经系统受累以颅神经受累为常见，还可出现嗅觉、味觉障碍，听觉丧失，前庭功能紊乱，三叉神经感觉障碍及颜面和舌咽神经受累。极?病例尚可发生无菌性脑膜炎、脑炎、末梢神经炎及Guillain-Barre氏综合症等。急性期病人常有短暂精神改变，如烦躁、易怒、失眠、多梦等，有些精神症状在恢复期后仍可持续一段时间，极少数出现狂躁或高度抑郁。
9、维生素缺乏症：慢性肝炎常有维生素D缺乏，并由此继发钙和磷的缺乏，导致骨软化、骨胳疼痛，甚至骨折等。慢性肝炎、肝硬变、肝癌等常发生维生素A缺乏，出现暗视适应障碍和强光闪烁后视力恢复障碍。急性肝炎病程较长者亦可发生。
10、甲状腺功能改变：主要发生甲状腺功能障碍，患者血清蛋白结合碘、基础代谢率增高，碘吸收减少。多由急性甲型病毒性肝炎引起。
11、干燥结合症：包括干性角膜炎、口腔干燥及一种结缔组织疾病（最常见者为类风湿性关节炎或全身性红斑狼疮，患者唾液腺或泪腺可肿大，多见于40－65岁女性，男女比例为1：9，罕见于儿童。
12、其他：尚见肾小管酸中毒、间质性肺炎，偶可引起胸腔积液急性多肌炎和严重呼吸性碱中毒等。
