乙肝病毒在肝细胞内生存、复制后。再排出到血液中，所以不仅血流中病毒高负荷，而且肝脏的大多数肝细胞都被感染。HBV本身并不直接引起肝细胞的病变，只是在肝细胞内生存、复制，其所复制的抗原表达在肝细胞膜上，激发人体的免疫系统来辨认，并发生清除反应。而是人体感染乙肝病毒后，由于机体免疫功能不同，从而病程发展也不同。如果机体的免疫功能健全，免疫系统被激活后识别乙肝病毒，攻击已感染病毒的肝细胞并清除之，这就导致了急性乙肝；如果机体的免疫功能被激活，但处于低下状态，机体对已感染病毒的肝细胞反复攻击，但是又不能完全清除之，导致肝组织慢性炎症反复发作，这就是慢性乙肝；如果机体的免疫功能处于耐受状态，不能识别乙肝病毒，因此不攻击已感染病毒的肝细胞，病毒与人体"和平共处"，这就是乙肝病毒携带者。
三、检查项目
乙肝病毒感染者或者怀疑传染上乙肝病毒者应及时到医院检查，检查指标主要有以下项目：
肝功能：主要为谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）
乙肝"两对半"：即 表面抗原（HBsAg）和表面抗体（抗HBs）；
e抗原（HBeAg）和e抗体（抗HBe）；
核心抗体（抗HBc）。
HBV-DNA：即乙肝病毒遗传基因DNA
肝组织学检查：通过肝脏穿刺取肝组织作病理学检查，确定肝组织炎症活动度和纤维化程度。
谷丙转氨酶（ALT）主要存在于肝细胞浆中，谷草转氨酶（AST）主要存在于肝细胞线粒体中。当肝脏发生炎症、坏死时，ALT、AST就会从肝细胞内大量释放入血，导致血清中ALT、AST升高，因此ALT、AST升高是判断肝细胞损害的一个敏感指标。但是除了病毒性肝炎外，其它类型的肝炎或肝脏疾病，ALT、AST也会升高。
HBV感染后病毒分泌的蛋白释放入血液，这些蛋白具有抗原性，导致机体产生相应的抗体。乙肝病毒的抗原抗体共有三个系统，但因核心抗原（HBcAg）在血清中一般不易检出，仅其余两对半在血液中可检测出，故俗称"两对半"。其中HBsAg和抗HBs是病毒的外膜蛋白和相应抗体。e抗原和e抗体是病毒的核壳分泌蛋白和相应抗体。HbcAg和抗HBc是病毒的核壳结构蛋白和相应抗体，但HBcAg 在血液中一般检测不到。
"两对半"和HBV-DAN都是血清病毒感染标志物。HBV标志物不仅是诊断HBV感染的根据，而且有助于对感染状态和病变活动性作出分析、外膜蛋白是病毒侵入肝细胞的必要成分，而其相应抗体应答则为阻断感染所必需；核壳蛋白与病毒复制密切相关、血清标志物谱反应HBV感染过程，见下表：
HBsAg HBV现症感染，但未必是急性肝炎或者慢性病变活动。
抗HBs 感染后免疫；对疫苗的免疫应答；或HBIG的被动免疫
HBeAg 反映HBV复制，有病毒血症，血液高传染性
抗HBe ALT持续正常者表示HBV低复制或不复制，HBsAg(+)血液低传染性。
ALT波动者表示病毒变异。
抗HBc 低滴度表示过去感染；高滴度表示现行感染。
IgM抗HBc 高滴度表示急性或近期感染；活动性病变可出现低滴度。
HBV-DNA是HBV的遗传物质--基因，当HBV侵入肝细胞后，就会以HBV-DNA为模板，合成新的HBV颗粒并释放入血，故HBV-DNA是病毒复制的一个重要指标。
肝组织病理学检查，是通过肝脏穿刺直接抽取微量肝组织，在显微镜下检查肝组织的炎症活动度和纤维化程度，是最为直接、准确地诊断慢性乙肝的"金指标"。炎症活动度和纤维化程度不同，最佳治疗方案也不同。因此，乙肝病毒感染者，尤其是慢性乙型肝炎患者，建议在治疗前到有相关检查条件的医院作此项检查，以选择最佳治疗方案，提高治愈率。
