过去，禽流感一直被认为只在禽类中流行。直到20世纪90年代末，才发现了人类感染禽流感。禽流感病毒可以感染大多数家禽、野禽、水禽和观赏鸟，最敏感者为鸡、火鸡、鸭、鹅等，水禽多为隐性感染。禽流感病毒也可感染哺乳类动物，如猪、马、海豹、鲸、水貂等。在禽类之间，禽流感主要由病禽的分泌物或排泄物污染空气，通过呼吸道而传播；其次，病禽的分泌物或排泄物污染水源及其他物质，可通过消化道传播。
在禽与人类之间，给人类带来威胁的主要是鸡、鸭等家禽。可通过接触病禽以及病禽分泌物或排泄物污染的饲料、水、蛋箱、垫草、种蛋、鸡胚等，经过呼吸道、消化道传播给人。被病毒污染的羽毛和粪便是重要的传染物。目前尚无人与人直接传播的确切证据。
